Основной проблемой должна быть автозагрузка. Но если вы измените конфигурацию автозагрузчика для ваших новых пространств имен и расположений, то все будет в порядке. Аналогичное соображение относится и к хранилищам.
Обратите внимание, что реализация драйвера метаданных, являющаяся частью вашей конфигурации Doctrine (вероятно, созданная в Bootstrap), должна указывать на папку, содержащую ваши метаданные. Если вы используете аннотации в своих сущностях в качестве метаданных, то здесь необходимо будет использовать новый путь к сущности.
Другая возможность - автоматическая генерация прокси. Если местоположение ваших прокси меняется, то любой процесс, выполняющий автозагрузку, должен это знать.
Только некоторые вещи, на которые стоит обратить внимание.