Это своего рода призыв к суждению, но многие вопросы типа «передовой опыт», как правило, задаются, по крайней мере, на первый взгляд. Мое мнение таково, что вы должны использовать одно или другое в одном утверждении. Не для какой-либо «опасности», присущей смешиванию, но для ясности.
В данном конкретном случае предложение where очень простое, и я бы преобразовал его в синтаксис запроса.
Однако есть случаи, которые не могут быть элегантно выражены в синтаксисе запроса. В случаях, когда просто невозможно смешать синтаксисы, запросы (опять же IMO) будут более читабельными, если вы разделите цепочку методов на ее собственную переменную, а затем просто ссылаетесь на эту переменную в выражении синтаксиса запроса. Используя ваш в качестве модели:
//The method chain can be pulled out as its own variable...
var filteredParents = _myObject.ObjectsParent.ParentsEnumerable
.Where(c => c == anotherObject || c.Parent == anotherObject);
//...which you can then substitute in a now purely query-syntax statement
from c in filteredParents
from q in c.MyObjectsEnumerable
orderby c.SortKey, q.Description
select new { Item = q, Text = c.Description + " -> " + q.Description };