Одним из решений, которое может быть более сложным, чем вы хотели бы, было бы отделить эту функцию перезаписи от вашего веб-сервера (например, иметь скрипт, который вы запускаете, когда вам нужно перестроить файлы CSS, который требует запуска вручную).
Если вы не хотите делать это вручную, вы можете выполнить проверку при загрузке приложения, которая выполнит замену css, а затем установить флаг в переменной плоского файла или среды, которую ваше приложение будет делать. позже используйте, чтобы определить, что не нужно повторно запускать css replace. Только что посмотрел чужой пост, касающийся использования Memcache ... это отлично подойдет для этой пометки.