Я тоже сталкиваюсь с этой проблемой.
И я следую инструкциям TorelTwiddler -> он прав, нет webapp2.
Вы должны добавить $ {GOOGLE_APP_ENGINE} / lib / webapp2 во «Внешние библиотеки».
Это происходит потому, что (я полагаю) вы меняете только интерпретатор проекта, а не создаете новый проект GAE с PyDev.
Это действие не пересканировало библиотеки, которые оно должно включать.
Если вы создадите новый проект GAE с Pydev, вы увидите, что webapp2 находится в списке внешних библиотек.