VS не нуждается в исходных файлах в какой-либо конкретной структуре dir, вы можете сделать так, чтобы она производила вывод в каталогах Debug и Release, если вы хотите, все это устанавливается в диалогах свойств.
Самое простое - создать новый пустой проект, а затем скопировать ваш код в тот же каталог, в котором будет создан main.cpp.