К сожалению, нет такого механизма, который исключал бы скрипт (то есть, если скрипт не предназначен только для IE, и в этом случае смотрите ответ ramblex / karim79).
Но ... вы могли бы изменить ваш скрипт, чтобы проверить глобальную (да, я знаю sigh ) переменную, которая - когда она установлена - заставляет скрипт останавливаться. Что-то в этом роде:
// wrap your nice script in an anonymous function
(function(document, undefined) {
if ( window.ie6 === true ) return;
.....
})(document);
Теперь включите глобальную переменную с условным тегом, например:
<!--[if lte IE 6]>
window.ie6 = true;
<![endif]-->
Et voila.