Это для контроля источников. Если вы создали новый проект в Xcode 4 и не отметили соответствующий флажок, у вас автоматически есть GIT-репозиторий.
«A» означает, что файл должен быть добавлен в хранилище при следующей фиксации. '?' означает, что вы добавили файл в свой проект, но еще не сказали XCode, что вы хотите сделать в отношении контроля версий. Вы можете установить, что вы хотите сделать, щелкнув правой кнопкой мыши по файлам или выбрав их и перейдя в Файл -> Контроль источника.
В любом случае они совершенно не связаны с тем, как построен проект.