Как уже говорила Джона, если вы поместите файлы .jsp в WEB-INF, это предотвратит любой доступ к ним из Интернета напрямую.
Если вам нужны более детальные меры безопасности, я бы исследовалинструмент, подобный Spring Security , который позволит вам установить более сложные правила безопасности.