Измените SQL, который будет запускать phpmyadmin, на:
LOAD DATA INFILE '*FILEPATH*'
INTO TABLE *table*
(X, Y);
(вам нужно будет только изменить последнюю строку)
И ваш CSV должен выглядеть как
-105.057578,39.785603
-105.038646,39.771132
-105.013045,39.771727
-105.045721,39.762055
-105.031777,39.76206
-105.046015,39.72835
Последняя строка говорит MySQL искать только эти два столбца данных и вставлять ноль для любых других столбцов. Значение NULL будет автоматически увеличено, как и ожидалось.