Eclipse не связывает JRE / JDK или серверы приложений.Убедитесь, что вы скачали пакет «Eclipse IDE для разработчиков Java EE» (поскольку у других не будет необходимых вам плагинов).Вам нужно будет загрузить JDK и Tomcat отдельно.Обратите внимание, что нет необходимости также загружать JRE, поскольку в установке JDK есть JRE.
Обратите внимание, что Eclipse имеет встроенный сервер Jetty, который можно использовать для предварительного просмотра приложения без отдельного сервера приложений, нобольшинство нетривиальных приложений по-прежнему требуют загрузки и установки сервера приложений, который вы собираетесь развернуть в рабочей среде.