Изменение хранилища CoreData напрямую рискует повредить базу данных и очень не рекомендуется. Лучше всего удалить с помощью запроса CoreData, который может выбрать все строки, которые нужно удалить одновременно.
Когда я говорю, что это может привести к повреждению, я не имею в виду, что с вашим SQL-запросом что-то не так, но CoreData также вставляет много метаданных в базу данных, чтобы помочь ее индексации.