Оба подхода имеют свое место;это действительно зависит от того, как будут использоваться данные.Использование одного файла - это замечательно, если вы собираетесь обрабатывать данные в XSLT.Если, с другой стороны, вы просто используете XML как механизм сохранения для дерева объектов, отдельные файлы позволяют перезаписывать только интересующие вас части, не затрагивая весь файл.