В меню Mac:
Eclipse -> Настройки
В меню Windows:
Windows -> Настройки
Из этого окна настроек:
Android -> Build
Теперь снимите флажок «Пропускать упаковку и индексацию до экспорта или запуска. (Ускоряет автоматическую сборку при сохранении файла.)»
Возможно, вам придется перезапустить Eclipse, чтобы изменение предпочтений действительно отразилось.