Чтобы убедиться, что ваш XML правильно сформирован, просто запустите его через анализатор DocumentBuilderFactory.Чтобы дополнительно проверить его по схеме .xsd, на которую есть ссылка в XML, вызовите:
factory.setValidating( true );
Если на схему xsd нет ссылки в проверяемом вами XML-документе, вы можете предоставить ее себе так:
factory.setAttribute(JAXP_SCHEMA_SOURCE, new File(schemaSource) );
Подробнее читайте в статье Oracle здесь: http://download.oracle.com/javaee/1.4/tutorial/doc/JAXPDOM8.html