Я работал над гетерогенной системой раньше. Это коммерческая система для управления программами обучения за рубежом для крупных университетов, и они были установлены на Oracle, MySql и Sql Server. Однако я был сторонним консультантом, занимавшимся очень специфическим проектом по конверсии, поэтому я не видел многих проблем, связанных с тем, чтобы заставить его работать везде.
Я помню, что самым большим препятствием, с которым мне приходилось сталкиваться, было отсутствие у Oracle простого столбца в стиле автоинкремента и необходимость вместо этого устанавливать отдельные последовательности. Также было несколько несоответствий типов данных, но была достаточно хорошая система для их отображения.
Обратите внимание, что даже здесь у каждого клиента была только одна база данных. Нам не нужно было беспокоиться о репликации самих данных между типами БД (кроме нескольких общих таблиц поиска). Просто структура.