В том же коде, который вы опубликовали, я получаю хороший отформатированный результат
file_put_contents( 'tmp.tmp',
'"lorem","ipsum","dolor","sit","amet","consectetuer","adipiscing","elit","sed ","diam","nonummy",
"1lorem","1ipsum","1dolor","1sit","amet","consectetuer","adipiscing","elit","sed ","diam","nonummy",
');
$handle = fopen("tmp.tmp", "r");
while (($data = fgetcsv($handle, 5000, ",", '"')) !== FALSE) {
echo "<pre>";
print_r($data);
echo "<pre>";
}
Я получаю:
Массив
(
[0] => Лорем
[1] => ipsum
[2] => Долор
[3] => сидеть
[4] => амет
[5] => концерт
[6] => Adipiscing
[7] => элит
[8] => sed
[9] => диам
[10] => nonummy
[11] =>
)
Вы, вероятно, делаете что-то не так в другом месте и не замечаете этого.