Не берите в голову, я нашел ответ!
В окне проводника проекта SHFB вы можете просто создать папку с тем же именем, что и содержимое стиля презентации, которое вы хотите переопределить.Это работает с любым стандартным содержимым, таким как файлы HTML, CSS или JS.Поэтому в моей ситуации мне нужно было переопределить файл script_manifold.js, который находится в папке Scripts стиля представления VS2005.
Поэтому мне нужно было создать папку с именем Scripts в моем проекте SHFB, а затем поместить в нее мой script_manifold.js.
Все работает отлично.Отлично!