В целом JPA не ограничивает количество единиц персистентности.Я не использовал несколько модулей персистентности с MongoDB, но ничего особенного в этом не должно быть.
У вас может быть один блок персистентности с источником данных MySQL, а другой - с MongoDB в качестве источника данных.Затем вы просто используете @PersistenceContext с unitName и вводите EntityManager, который работает для исправления источника данных.