Хотя это не подтверждено, но для будущих читателей я уверен, что это как-то связано с файлом пользовательских настроек .suo - Мой коллега удалил рабочее пространство, удалил файлы, получил новый снимок из TFS - и Presto, Решение создало виртуальный каталог в IIS7. Поэтому решением может быть просто удаление файла suo.