afaik корреляция между экземпляром кластерного сервера sql и интеграцией CLR отсутствует. SQL Server действует как хост CLR. Когда используется функциональность CLR (например, вызывается UDF CLR), сборка загружается из базы данных.
На узле пассивного кластера не запущена служба SQL Server, так почему это должно беспокоить? В активном / активном кластере будут запущены два экземпляра SQL Server, которые не зависят друг от друга. Один активен на первом узле, другой - на втором.
Что ж, с помощью небезопасного кода сборки вы, несомненно, можете вызвать проблемы и отключить экземпляр сервера sql (и сделать его отказоустойчивым в кластерной среде). Администраторы баз данных не обязательно имеют представление о программировании .net и, вероятно, хотят избежать таких проблем. В противном случае я не вижу никаких веских аргументов в пользу этой политики, которая могла бы выдержать техническую аргументацию. Просто будьте осторожны с тем, какой код вы хотите запустить на SQL Server. За воротами безопасности для кода CLR определенно есть причина (safe, external_access и unsafe).
Cheerio