Параметр / sprocs в параметрах командной строки SQLMetal извлекает сопоставления для хранимых процедур из базы данных. Сопоставления будут аналогичны сопоставлениям таблицы / представления, которые вы видите в настоящее время.
Таким образом, пример команды будет выглядеть так:
sqlmetal /server:myserver /database:northwind /sprocs /map:Mappings.xml
См. Этот MSDN doc для получения подробного списка параметров командной строки.
Помните об ограничениях Linq To SQL с MS SQL Server 2000, обратитесь к этому MSDN doc для ознакомления с некоторыми из известных ограничений.