В Drupal 6.x ...
Вам нужно будет прикрепить пользовательский обработчик проверки к форме через hook_form_alter, например:
function my_module_form_alter (&$form, $form_state, $form_id) {
if ($form_id == "my_form_to_modify")
$form['#validate'][] = "my_module_form_validate_handler";
}
function my_module_form_validate_handler ($form, &$form_state) {
if (sizeof($form_state['values']['field_my_node_ref_1']) != sizeof($form_state['values']['field_my_node_ref_2'])) {
form_set_error("field_my_node_ref_1","You have to supply equal number of nodes...");
}
}