root.crt входит в хранилище, поскольку это хранилище доверенных сертификатов для серверов, а root.cer предположительно содержит сертификат в базе цепочки сертификатов server.crt.Делая это, вы говорите, что доверяете ему, чтобы идентифицировать другие сертификаты для доверия.
server.crt - это сертификат, содержащий открытый ключ сервера, а server.key - соответствующий закрытый ключ для сервера, и они идут вхранилище ключей сервера.
.crt и и .cer обычно эквивалентны (просто указывает, что это сертификат, обычно X.509).Обычно это будет в формате DER, но может быть иным, например Base64.