У меня была именно эта проблема.
Я понял, что моя проблема в том, что в подкаталогах есть две другие папки .git. Я клонировал два репозитория в эти подпапки. Я удалил эти две папки .git и смог снова использовать git.
Чтобы найти эти другие папки .git, я запустил эту команду:
find . -name ".git" -type d