Есть ли способ вставить файл сценария R в документ Sweave (напротив путаницы) - PullRequest
Новая
       14

Есть ли способ вставить файл сценария R в документ Sweave (напротив путаницы)

3 голосов
/ 09 ноября 2011

Я часто создаю специальные файлы свипирования для анализа и создания pdf-документов, однако иногда мне хочется взять существующий файл R-скрипта и запустить его, одновременно создавая pdf-файл команд и выводя их вместе. Я знаю, что есть команда путаницы, которая извлекает команды R из файла Sweep rnw для создания сценария R, но я хочу обратного.

Edit: Я подумал о создании файла свипинга, который просто является источником моего R-скрипта, но мне нужно каждый раз редактировать файл свипа, и он не очень хорошо справляется с графиками и графикой.

поэтому для примера сценария R, подобного этому (псевдокод, может не работать) 

head(mcars)
1+1
x<-3
describe(mcars)
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) 
p + geom_point() 
print(p)

Это будет генерировать 

<<echo=TRUE, result=latex>>= 
print(xtable(head(mcars)))
@ 
<<echo=TRUE, include=TRUE>>=
1+1
x<-3
@ 
<<echo=TRUE, result=latex>>= 
print(xtable(describe(mcars)))
@ 
<<echo=TRUE, fig=TRUE, include=TRUE>>= 
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) 
p + geom_point() 
print(p)
@

Кто-нибудь делал это?

Ответы [ 2 ]

6 голосов
/ 09 ноября 2011

У меня в разработке находится пакет с именем knitr, который может подойти вам, но я должен предупредить вас, что он все еще находится на ранней стадии разработки, поэтому ошибки могут существовать. Прочтите раздел Справочник кодов в неполном руководстве https://github.com/downloads/yihui/knitr/knitr-manual.pdf

В основном вы пишете пустой кусок в Sweave, как 

<<my-chunk-label>>=
@

и вы используете ту же метку во внешнем R-скрипте (например, foo.R) 

## @knitr my-chunk-label
1 + 1; x <- 3

Параметр чанка ref используется для указания пути к сценарию (например, ref=foo.R); knitr прочитает скрипт R и сопоставит метки с документом Rnw.

2 голосов
/ 10 ноября 2011

Нет, но это не так уж сложно построить из source(file, echo=TRUE). С помощью приведенных ниже функций следующая функция создает файл LaTeX. Попробуйте! 

latexR("code.R")

Я пробовал это со следующим code.R файлом: 

c("hi",
  "there")
1+1
a <- 5
plot(1:a) # a plot
# hi there
data.frame(a=1:5, b=LETTERS[1:5])

Ниже приведены функции. Метод latex S3 - это способ заставить его выводить специальное форматирование LaTeX для данного типа объекта, в противном случае он просто выводит дословно. Он также устанавливает графическое устройство по умолчанию для сохранения в формате PDF и вывода имени файла. 

latex <- function(obj) {
  UseMethod("latex")
}
latex.data.frame <- function(obj) {
  print(xtable(obj), floating=FALSE)
}
latex.default <- function(obj) {
  cat("\\begin{Soutput}\n")
  if (isS4(obj)) 
    methods::show(obj)
  else print(obj)
  cat("\\end{Soutput}\n")
}

fig <- function(...) {
  i <<- i+1
  n <- paste(nam, formatC(i, width=3, flag="0"), sep="-")
  f <- paste(n, "pdf", sep=".")
  cat("\\includegraphics{", n, "}\n",sep="")
  pdf(file=f, ...)
}

stopfig <- function() { if(dev.cur()!=1) dev.off() }

latexR <- function(file, base=sub(".R","", file)) {
  eval.with.vis <- function(expr, envir = parent.frame(), enclos = if (is.list(envir) ||
                         is.pairlist(envir)) parent.frame() else baseenv())
    .Internal(eval.with.vis(expr, envir, enclos))  
  on.exit(sink())
  sink(paste(base,"tex",sep="."))
  cat("\\documentclass{article}\n\\usepackage{Sweave}\n\\begin{document}\n") 
  environment(fig) <- list2env(list(i=0, nam=base))
  options(device=fig)
  exprs <- parse(file)
  srcrefs <- attr(exprs,"srcref")
  lastshown <- 0
  for(i in seq_along(exprs)) {
    srcref <- srcrefs[[i]]
    dep <- getSrcLines(attr(srcref, "srcfile"), lastshown+1, srcref[3L])
    lastshown <- srcref[3L]
    cat("\\begin{Sinput}\n", paste(dep, collapse="\n"), "\n\\end{Sinput}\n", sep="")
    yy <- eval.with.vis(exprs[i])    
    stopfig()
    if(yy$visible) latex(yy$value)
  }
  cat("\\end{document}")
}
...