Практически каждый инструмент для сборки инсталляционных пакетов позволяет включать в процесс установки произвольные сценарии. Просто осмотрите свой инструмент на наличие этой возможности ...
Здесь мы часто включаем скрипты в наши WIX установки. Конечно, пользовательский опыт лучше использовать при первоначальной сборке инсталляционного пакета, но в некоторых случаях это приемлемая практика (в основном, когда нет пользователей, не являющихся пользователями технологий).