Проблема, похоже, связана с процессами php-fpm, которые задерживаются и ссылаются на старые настройки файла php.ini.
Это сработало для меня:
Получить идентификаторы процессов для php-fpm
root@thiru:/etc/php5/fpm/conf.d# ps aux | head -1 && ps aux | grep php-fpm | grep -v grep
USER PID %CPU %MEM VSZ RSS TTY STAT START TIME COMMAND
root 32650 0.0 0.5 86624 17032 ? Ss 21:44 0:00 php-fpm: master process (/etc/php5/fpm/php-fpm.conf)
www-data 32652 0.0 0.1 86624 4700 ? S 21:44 0:00 php-fpm: pool www
www-data 32653 0.0 0.1 86624 4704 ? S 21:44 0:00 php-fpm: pool www
убить процессы. Начиная с мастера.
kill -9 32650
kill -9 32652
kill -9 32653
Запустите php-fpm, используя скрипт инициализации
service php5-fpm start or /etc/init.d/php5-fpm start