Когда вы удаляете его из репозитория, он в итоге удалит его из других рабочих копий.
Когда вы приступаете к установке новой системы, одна из техник, которая обычно работает довольно хорошо, состоит в том, чтобы код искал локальный файл (скажем, config-local.php), который специально игнорируется (и поэтому никогда не ставится в хранилище), и общий файл, который читается, если более конкретный файл не найден. Это может иметь либо общую конфигурацию, либо выдавать ошибку, чтобы они создали локальную версию.