Хотя похоже, что более быстрый ПК решит некоторые ваши проблемы, я согласен, что плагин m2eclipse отстой (хотя он затягивает чуть меньше, так как eclipse indigo). Из-за этого я некоторое время перешел на использование Intellij, но через месяц я снова переключился на затмение (для меня затмение все еще остается лучшим, несмотря на m2eclipse).
Я использую m2eclipse, чтобы иметь возможность работать в затмении, но не более того. Все мои сборки maven (package, install, что угодно) я запускаю с самим maven (командная строка) просто потому, что было слишком много случаев, когда результат был разным (работа в одном, а не в другом, и maven всегда был корректен)
Так что, извините, нет прямых ответов на ваши вопросы, только несколько советов:
1) сделать это вне затмения
2) придерживаться стандартов maven (цель / классы); это сделает вашу жизнь намного проще
6) использование управления зависимостями в родительском pom может немного помочь
8) если вы столкнулись с той же проблемой при запуске из командной строки, то проблема в вашем pom (решите с помощью mvn dependency: tree), если нет, см. 1
9) возможно, здесь есть вариант сборки, но я бы не рекомендовал ваш подход