Лучший код, к которому я дошел, это:
ax = matplotlib.pyplot.gca()
mkfunc = lambda x, pos: '%1.1fM' % (x * 1e-6) if x >= 1e6 else '%1.1fK' % (x * 1e-3) if x >= 1e3 else '%1.1f' % x
mkformatter = matplotlib.ticker.FuncFormatter(mkfunc)
ax.yaxis.set_major_formatter(mkformatter)