Другая причина, по которой точки останова могут пожелтеть, состоит в том, что двоичный файл приложения, который вы отлаживаете, был изменен с момента его первого запуска. В моем случае я добавил папку в папку «Содержание / ресурсы» приложения после того, как однажды отладил программу. При запуске отладки после добавления папки точки останова становились желтыми и игнорировались. Я изменил свою процедуру: я сделал чистку, сборку, добавил папку, затем запустился, и все было хорошо.
Возможно, Xcode (или OS X) создает и запоминает собственную цифровую подпись приложения (которая была не с цифровой подписью), а затем, чувствуя, что приложение было изменено, отказывается пытаться установить точки останова. Делая мои моды перед первым (отладочным) запуском приложения, цифровая подпись была сделана с моими модами.
Все это на OS X 10.6.8 с использованием Xcode 3.2.2.