$numbers = array(1,2,3);
$questions = array();
for($i=0;$i<sizeof($numbers);$i++)
$questions[] = '?';
$string = implode(', ',$questions);
РЕДАКТИРОВАТЬ: улучшено с помощью array_fill
$numbers = array(1,3,5);
$string = implode(', ', array_fill(0, count($numbers), '?'));
echo $string;