Что вам действительно нужно использовать, так это wp_get_nav_menu_items функция, потому что она возвращает массив пунктов меню. С этого момента просто обычный php делает то, что вы хотите.
Но, с самого начала, вы уверены, что вам нужно одно меню, может быть, лучшим вариантом было бы создать два меню? Меню - это просто наборы пунктов меню, многие из которых можно создавать для разных целей.