Вероятно, отсутствует add_dependencies, чтобы заставить одну цель полностью построить перед началом другой, или вывод add_custom_command, который используется более чем в одной библиотеке.
Если обе библиотеки начинают сборку в одно и то же время, и они одновременно запускают пользовательскую команду, вы получите две конкурирующие пользовательские команды, которые могут перезаписать результаты друг друга или смешать результаты. 1003 *
Ваш код общедоступен? Можете ли вы опубликовать это для других, чтобы проверить?
Одна хорошая стратегия - просто показать ее другим разработчикам для «большего количества глаз» ...