Я не думаю, что MediaPlayer принимает любой тип InputStream. Вы не можете изменять данные, считанные из файла, которые используются в MediaPlayer.
MediaPlayer принимает FileDescriptor (обрабатывается в собственном коде как чтение из реального файла, без обратного вызова Java). И MediaPlayer принимает http URL.
Если вам действительно нужно изменить переданные данные, рассмотрите возможность использования локального http-сервера и setDataSource с URI.