визуализация частиц в Linux

Question

Я сгенерировал файлы схемы

x \ ty \ tz \ t charge \ t type \ t id

и хочу отобразить их ваналогично этому изображению:

Мне также нужно иметь возможность просматривать пространство моего моделирования (вращать его, увеличивать и уменьшать масштаб).Я попробовал rasmol и pymol, но они не говорят с моим простым форматом файла.

Есть ли другой инструмент для этого, которого я не нашел? Редактировать: решение Я создал небольшую программу для изменения моих данных в формате xyz.

Answer 1

Вы можете сделать такой график, используя функцию mayavi2 point3d . Или любое другое программное обеспечение на основе vtk . Mayavi2 позволяет вам перемещаться по трехмерному пространству и обеспечивает стерео рендеринг ( нажмите «3»).

import enthought.mayavi.mlab as mlab
from numpy.random import random
mlab.point3d(random(1000), random(1000), random(1000),range(1000))

Answer 2

Вероятно, проще изменить программу для вывода данных в одном из распространенных форматов, например

XYZ: http://openbabel.org/wiki/XYZ_%28format%29

GRO: http://manual.gromacs.org/current/online/gro.html

Либо создайте крошечную программу для преобразования ваших данных в один из распространенных форматов. Это гораздо меньше работы, чем создание программы визуализации с нуля.

Answer 3

Pymol прекрасно справляется с такими данными. В вашем случае вы можете просто преобразовать каждую точку в сферу, выполнив что-то вроде

pseudoatom BEAD3, pos=[26.8600, 79.4690, 135.9360], b=-67.927313
cmd.show("spheres","BEAD3")

для меня это работает хорошо.