Решено:
Замена файлов шаблона HTML последней копией из Flash Builder 4.5, казалось, решила проблему. Похоже, они заменили AC_OETags.js на swfobject.js
Частично спасибо Харуи за толчок в правильном направлении.
Пытался исследовать обновление кода до 4.5, но, похоже, выбрасывал много несовместимостей, вместо этого в 4.5 создал проект test / dummy и использовал html-файл, созданный для замены старых html-файлов, созданных Flex Builder 3.0
Очевидно, что это не очень распространенная проблема, но надеюсь, что это сэкономит кому-то время, усилия и агро.