Когда вы видите пустой массив, напечатанный без запятых, вы просто смотрите на его строковое представление.Если вы хотите, чтобы он был напечатан запятыми, вы можете преобразовать его в список Python:
In [45]: print(arr)
[[12 13 14]
[15 16 17]
[18 19 20]]
In [46]: arr_list = arr.tolist()
In [47]: print(arr_list)
[[12, 13, 14], [15, 16, 17], [18, 19, 20]]