Вам нужно включить элемент в шаблон, чтобы сообщить окну, где отображать его содержимое. ContentPresenter делает магию за вас: он будет отображать содержимое окна в любой позиции, которую вы вставляете в дерево.
Если вы хотите, чтобы обычный контент отображался поверх прямоугольника, например, вы можете сделать это:
<Style x:Key="SilverGreenWindowStyle" TargetType="{x:Type Window}">
<Setter Property="Template">
<Setter.Value>
<ControlTemplate>
<Grid Background="{StaticResource SilverGreenBackground}" Width="503" Height="383">
<Rectangle Margin="192,86,21,119" Fill="{StaticResource SilverGreenRectangleBackground}" Width="200" Height="200"/>
<ContentPresenter/>
</Grid>
</ControlTemplate>
</Setter.Value>
</Setter>
</Style>