Вместо изменения маршрута по умолчанию вы можете просто заставить свой контроллер работать по-другому, если они вошли в систему. Что-то вроде:
class Welcome extends CI_Controller {
public function index()
{
if($logged_in) {
$this->load->view('authenticated');
} else {
$this->load->view('guest');
}
}
}