Вы должны запустить свой сервер через runDynamoOnWeblogic.bat, который находится в ATG_DIR\home\bin и использовать клавишу -run-in-place при вызове этого bat-файла.
Но вы должны решить проблему с автостроением в вашей IDE. Например, я настраиваю свое eclipse так, чтобы eclipse компилировал java-классы после редактирования и помещал его прямо в каталог ATG_DIR\My_module\classes.jar.
примечание: класс.jar должен быть взорван архивом.
Надеюсь, это поможет вам.