Я не думаю, что можно «удалить» пиксель, но вы можете установить для него определенный цвет.
// Open your image
string path = "./path/to/your_image.bmp";
Bitmap img = (Bitmap)Bitmap.FromFile(path);
// Supporting variables
int x = 5;
int y = 5;
Color color = Color.Black;
// Actual operation
img.SetPixel(x, y, color);
img.Save(path);