Используйте обратный вызов для animate : http://jsfiddle.net/pPwRP/
Это даст вам возможность выполнить обратный вызов после завершения первой анимации.
Для ленивых нажать - вот код
window.onload = function() {
var c= Raphael("canvas", 200, 200);
var p = c.path("M140 100");
var r = c.path("M190 60");
p.animate({path:"M140 100 L190 60"}, 2000, function () {
r.animate({path:"M190 60 L 210 90"}, 2000);
});
};