Mongodb всегда создает файл mongodb.lock при запуске сервера и удаляет его до остановки mongodb.
Удаление mongodb.lock не влияет на какие-либо данные, это просто означает, что mongodb не был остановлен правильно.Итак, вы правильно удалили этот файл, и запуск с параметром -repair должен исправить базу данных.