вы можете поместить его в тег body следующим образом:
<body onload="function(){elements.setPercentage('element1','".$value."')}"
или в свой файл javascript:
window.onload = function(){elements.setPercentage('element1','".$value."')};
Или в jQuery
$(document).ready(function(){elements.setPercentage('element1','".$value."')});
Вам нужно обернуть его в функцию, потому что вы отправляете аргументы