Просто добавьте ._ * к file_exclude_patterns в ваших Sublime Preferences.
Или, если вы не хотите, чтобы он был перезаписан последующими обновлениями, добавьте эту строку в свои пользовательские настройки
"file_exclude_patterns": ["*.pyc", "*.pyo", "*.exe", "*.dll", "*.obj","*.o", "*.a", "*.lib", "*.so", "*.dylib", "*.ncb", "*.sdf", "*.suo", "*.pdb", "*.idb", ".DS_Store", "*.class", "*.psd", "*.db", "._*"]