Если вы хотите выполнить javascript в файле HTML, вам потребуется реализовать полную среду выполнения javascript в Python (конечно, могут существовать или порты из других языков.) Файл HTML не является исполняемым, ив большинстве сред для него также нет интерпретатора, кроме браузеров.
Если вы можете каким-то образом отделить JavaScript от HTML (то есть, если он никак не зависит от DOM), вы можетеуметь использовать что-то вроде оболочки SpiderMonkey для выполнения вашего javascript и чтения его стандартного вывода в Python.
Если нет, вам понадобится полноценный браузер для интерпретации HTML и javascript, иЗатем вам нужно будет как-то прочитать его (визуальный) вывод, который может быть невероятно сложным.