У вас есть EJB? JBoss поставляется с реализацией спецификации EJB JSR.
Для Tomcat требуются плагины, такие как openEJB.
Многие серверы приложений используют Tomcat внутренне в качестве своего контейнера сервлета. Но для соответствия стандартам JavaEE большинство из них выберет сервер приложений JBoss вместо Tomcat.
Обратите внимание, что веб-профиль сервера приложений JBoss 7 сертифицирован.
Tomcat хорошо работает как обычный контейнер Servlet. Многие предприятия при использовании Tomcat связывают его с прокси-серверами и HTTPD-серверами в целях безопасности и распределения нагрузки.