Лучше хранить один объект jQuery, чем создавать их несколько раз. Но имейте в виду, что узким местом в Javascript является манипулирование DOM, а не сохранение ссылок на его элементы.
Я только что провел несколько тестов с 10000 делениями и значительно быстрее, когда все помещается в объект массива / jquery, чем каждый раз просматривал его в DOM.
Используйте IDS и индексы для максимальной эффективности (многие люди используют старые браузеры, у которых нет встроенного селектора классов), то есть:
var allElements = $("#container").children()
allElements.eq(10).hide()