Основными преимуществами IIS является то, что он обрабатывает для вас срок службы вашего сервиса: активация, утилизация ...
Его главный недостаток, если у вас нет v7, заключается в том, что без WAS он может обслуживать только веб-службы на основе http
Службы нуждаются в большей осторожности в случае фатальной ошибки ... и затем должны быть установлены, тогда как веб-сайт может быть скопирован в его веб-папку после того, как он был создан
Если ваша версия iis> = 7, то я не вижу особого интереса в том, чтобы не использовать WAS, поскольку он поддерживает все транспорты wcf, хотя другие могут иметь другое представление ...